PhpStorm legt grundsätzlich einen .idea Ordner an, wenn ein neues Projekt erstellt wird. Dort werden u.a. projektspezifische Einstellungen der IDE gespeichert.
Leider taucht dieser Order dann auch regelmäßig in der Versionsverwaltung (z.B. Git) auf, obwohl er dort eigentlich nichts zu suchen hat. Git bietet dafür die Funktion, dass unerwünschte Dateien und Ordner mit Hilfe der .gitignore Datei ignoriert werden können. Es gibt aber noch einen etwas komfortableren Weg, wie man z.B. den .idea Ordner dauerhaft aus allen Git Repositories ausschließen kann.
Git unterstützt auch eine globale .gitignore Datei. Diese liegt unter Windows im Hauptverzeichnis des Benutzerordners und heißt .gitignore_global.
Mit dem Befehl
git config --global core.excludesfile ~/.gitignore_global
wird die Datei (X:\Users\NAME\.gitignore_global) als globale .gitignore Datei festgelegt.
Einfach die Datei im o.g. Pfad anlegen und „.idea/“ in die Datei eintragen. Schon wird der Ordner nicht mehr in der Versionsverwaltung berücksichtigt.
Quelle: GitHub User Documentation